Bước 1: Tổ chức tôn giáo, tổ chức tôn giáo trực thuộc, tổ chức được cấp chứng nhận đăng ký hoạt động tôn giáo có địa bàn hoạt động ở một huyện trước khi tổ chức đại hội có trách nhiệm gửi hồ sơ đề nghị đến Phòng Nội vụ.
Bước 2: Phòng Nội vụ xem xét hồ sơ đề nghị, trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, hợp lệ, Phòng Nội vụ hướng dẫn trực tiếp hoặc thông báo qua thư điện tử, tin nhắn điện thoại hoặc văn bản cho tổ chức để bổ sung, hoàn thiện hồ sơ. Trường hợp từ chối tiếp nhận, giải quyết phải nêu rõ lý do. Thời gian hoàn thiện hồ sơ không tính vào thời hạn giải quyết.
Bước 3: Phòng Nội vụ phối hợp với các cơ quan liên quan thẩm định hồ sơ (nếu cần). Sau khi thẩm định hồ sơ, Phòng Nội vụ trình Ủy ban nhân dân cấp huyện chấp thuận hoặc không chấp thuận về việc tổ chức đại hội và gửi kết quả giải quyết về Trung tâm Hành chính công hoặc Bộ phận Tiếp nhận và trả kết quả của Ủy ban nhân dân cấp huyện để trả cho tổ chức. Trường hợp không chấp thuận phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do.