Sau 20 năm tham gia quân đội, năm 1992  ông  được nghỉ chế độ hưu trí với quân hàm đại úy về nghỉ hưu, ông được bầu làm Bí thư chi bộ tổ dân phố  14 – Phường Mường Thanh – Thành phố Điện Biên Phủ. Năm 2007 gia đình ông chuyển về Đội 15, xã Thanh chăn, huyện Điện Biên sinh sống và ông được bầu làm Bí thư chi bộ Đội 15, xã Thanh Chăn.

Với cương vị là Bí thư chi bộ Đội 15, Trưởng ban công tác mặt trận thôn Thanh Hà, chi Hội trưởng Hội Người cao tuổiông luôn hăng hái, nhiệt tình, hết lòng vì công việc chung, Ông không quản ngại khó khăn, đến từng nhà tuyên truyền, vận động nhân dân thực hiện tốt các chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước; luôn nêu cao tinh thần đoàn kết, tổ chức thực hiện có hiệu quả cuộc vận động và phong trào thi đua yêu nước của địa phương, góp phần nâng cao đời sống, gắn kết tình làng nghĩa xóm, xây dựng quê hương ngày càng phát triển.

Năm 2007 chi bộ Đội 15 còn sinh hoạt ghép với chi bộ Đội 17. Đến năm 2012 Đảng ủy xã Thanh Chăn thực hiện việc chia tách chi bộ, khi đó chi bộ Đội 15 mới chỉ có 01 đảng viên và 02 đảng viên được xã tăng cường về để sinh hoạt cùng. Với đặc thù là khu vực nông thôn, ông luôn trăn trở làm thế nào để tạo nguồn phát triển đảng viên, phát triển nguồn cho đảng.Bởi Chi bộ Đội 15 cũng giống như các chi bộ khác ở xã Thanh Chăn, công tác tạo nguồn phát triển đảng viên gặp rất nhiều khó khăn, số thanh niên trong độ tuổi lao động đủ tiêu chuẩn để đưa vào nguồn, tạo điều kiện, giúp đỡ phát triển đảng rất hiếm, không có nguồn do một số học hết THPT thì lại tiếp tục phấn đấu vào học các trường chuyên nghiệp, một số đi học ở các trung tâm dạy nghề; hoặc đi làm xa ít khi ở địa phương; quần chúng tích cực muốn phấn đấu để được đứng trong hàng ngũ của đảng thì liên quan đến trình độ văn hóa chưa đạt hoặc một số lý do khác...Nghĩ là làm,với trọng trách giúp đỡ quần chúng trưởng thành, ông  luôn theo dõi, bám sát vào thực tiễn của Đội và các ban, ngành, đoàn thể từ đó giúp đỡ quần chúng hiểu rõ tầm quan trọng của Đảng trong cuộc sống để từ đó tìm nguồn kết nạp vào đảng những đồng chí có năng lực, phẩm chất đạo đức. Đầu tiên ông cùng với các đồng chí đảng viên trong chi bộ tìm đối tượng nguồn để phát triển đảng là trưởng các tổ chức đoàn thể trong thôn, đội; khi đã phát triển được nguồn, chi bộ thường xuyên củng cố và nâng cao chất lượng hoạt động của các tổ chức, đoàn thể chính trị - xã hội trong thôn, đội, tạo điều kiện tập hợp, giáo dục, lựa chọn đoàn viên, hội viên ưu tú là nguồn phát triển Đảng. Với cách làm đó, ông đã phát triển từ chi bộ “trắng” đảng viên, đến nay đã kết nạp được 06 đảng viên, thành lập chi bộ Đội 15.

Trong ảnh: Bác Nguyễn Duy Phong - Bí thư chi bộ Đội 15 xã Thanh chăn đang chăm sóc vườn mía của gia đình

Ngoài việc chú trọng công tác phát triển đảng viên, trong những năm qua, chi bộ luôn quan tâm đến việc đổi mới, nâng cao chất lượng và hiệu quả sinh hoạt chi bộ. Đây là yêu cầu quan trọng trong việc nâng cao ý thức tổ chức kỷ luật cũng như trình độ nhận thức mọi mặt cho cán bộ, đảng viên. Theo ông: “Để nâng cao chất lượng sinh hoạt chi bộ, trước mỗi kỳ sinh hoạt, Bí thư chi bộ cần chuẩn bị chu đáo về nội dung, xác định rõ nhiệm vụ trọng tâm, trọng điểm để lãnh đạo, chỉ đạo thực hiện”. Dưới sự chủ trì của Bí thư chi bộ, từng cán bộ, đảng viên trong chi bộ đều được phân công nhiệm vụ cụ thể. Bí thư chi bộ và các đồng chí đảng viên trong chi bộ cũng thường xuyên giám sát, kiểm tra, đánh giá kết quả công việc, từ đó nâng cao ý thức, trách nhiệm của mỗi cán bộ, Đảng viên và nhân dân trong chi bộ và trên thực tế  mỗi cuộc sinh hoạt chi bộ ở đây đã phát huy được quy chế dân chủ cơ sở trong Đảng và quyền làm chủ của nhân dân, huy động tối đa trí tuệ tập thể để thực hiện tốt nhiệm vụ lãnh đạo, chỉ đạo, tạo sự đoàn kết trong cán bộ, đảng viên, mọi ý kiến do nhân dân đề xuất đều được ông lắng nghe, tiếp thu và giải trình, thuyết phục cụ thể nên nhận được sự đồng thuận của cán bộ, đảng viên và các tầng lớp nhân dân.

Ông Hoàng Văn Thám - Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy xã Thanh Chăn cho biết: “ông Phong là một bí thư chi bộ mẫu mực, rất gần gũi với nhân dân, có những chủ trương đúng đắn, hợp lòng dân nên được nhân dân đồng tình ủng hộ, mặt khác ông luôn lắng nghe ý kiến của nhân dân để tự mình điều chỉnh, phát triển và bồi dưỡng, hoàn thiện nhân bản thân”.

Xác định xây dựng Đảng là then chốt, phát triển kinh tế là trọng tâm. Để nâng cao đời sống vật chất và tinh thần cho cán bộ, đảng viên trong Đội 15, Bí thư chi bộ Nguyễn Duy Phong đã chỉ đạo các tổ chức đoàn thể xây dựng các nguồn quỹ để hổ trợ các gia đình có hoàn cảnh khó khăn phát triển kinh tế, tiêu biểu như: quỹ của chi Hội Cựu chiến binh; quỹ của chi Hội Phụ nữ, chi Hội Nông dân. Ông đã vận động các hộ gia đình tích cực chuyển đổi cơ cấu cây trồng vật nuôi, áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật, đưa các loại cây, con giống có năng suất, hiệu quả kinh tế cao vào sản xuất như: bưởi, xoài, chăn nuôi lợn, gia cầm, thủy cầm, trồng mía,... Từ đó, thu nhập bình quân của các hộ dân trong đội tăng lên từ 50-100 triệu đồng/ năm, 65% các hộ gia đình có mức sống khá giả, cuộc sống người dân trong đội đã được cải thiện rõ rệt. Hiện đội chỉ còn 05/54 hộ nghèo, 06/54 hộ cận nghèo, tình hình an ninh trật tự được giữ vững và ổn định, người dân yên tâm chăm lo lao động sản xuất, phát triển kinh tế gia đình.

          Năm 2009, Thực hiện chương trình xây dựng NTM, Thanh Chăn là trong 11 xã trên địa bàn cả nước được Ban Bí thư Trung ương chọn làm thí điểm triển khai chương trình xây dựng NTM. Với tư cách là người đứng đầu chi bộ, ông đã suy nghĩ, trăn trở với quyết tâm làm sao để vận động bà con địa phương cùng thống nhất bắt tay vào xây dựng nông thôn mới một cách tự giác, nhiệt tình, bởi địa bàn nơi đây hầu hết là bà con dân tộc. Cái khó nhất là làm thế nào để mọi người cùng hiểu chủ trương đúng đắn của Đảng, Nhà nước, mà chủ trương này khi đi vào cuộc sống, người được hưởng lợi thiết thực nhất chính là các hộ dân nơi đây. Sau khi nhận được sự chỉ đạo của các cấp, các ngành, Ông đã tổ chức họp dân, phân tích cho dân hiểu, huy động bà con đóng góp công, sức để cùng chính quyền địa phương, nhân dân trong toàn xã hoàn thành nhiệm vụ. Sau hơn 5 năm, cùng với sự hỗ trợ của Nhà nước, người dân Đội 15 xã Thanh chăn đã đầu tư công sức xây dựng kết cấu hạ tầng nông thôn, các thiết chế văn hóa ở thôn, các công trình phúc lợi, hệ thống đường giao thông liên thôn, giao thông nội đồng phong quang sạch đẹp, góp phần cùng các thôn, đội khác trong xã đưa Thanh Chăn hoàn thành 19/19 tiêu chí nông thôn mới vào năm 2015. 

Với sự nỗ lực của cá nhân ông Nguyễn Duy Phong và sự đoàn kết của tập thể, nhiều năm qua, chi bộ Đội 15 xã Thanh chăn đều đạt trong sạch vững mạnh; 100% đảng viên trong chi bộ hoàn thành tốt nhiệm vụ trở lên. Hàng năm, số hộ đạt gia đình văn hóa từ 98% trở lên; Khu dân cư đạt khu dân cư văn hóa, bản thân ông nhiều năm đạt Đảng viên hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ. Đặc biệt, tại hội nghị Tổng kết 04 năm thực hiện Chỉ thị 03-CT/TW của Bộ Chính trị, ông đã được UBND huyện tặng giấy khen có nhiều thành tích xuất sắc trong “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh”.