Tổ chức/cá nhân (Chủ dự án đầu tư, cơ sở) nộp hồ sơ đề nghị cấp lại giấy phép môi trường đến Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của UBND cấp huyện.
Chủ dự án đầu tư, cơ sở nộp hồ sơ đề nghị cấp lại giấy phép môi trường đến cơ quan cấp phép theo một trong các trường hợp sau: i- Giấy phép hết hạn gửi hồ sơ đề nghị cấp lại giấy phép môi trường trước khi hết hạn 06 tháng; ii- Dự án đầu tư, cơ sở tăng quy mô, công suất, thay đổi công nghệ sản xuất (trừ trường hợp dự án đầu tư thay đổi thuộc đối tượng phải thực hiện đánh giá tác động môi trường) gửi hồ sơ đề nghị cấp lại giấy phép môi trường trước khi thực hiện việc tăng, thay đổi và chỉ được triển khai thực hiện sau khi được cấp giấy phép môi trường; iii- Dự án đầu tư, cơ sở có thay đổi tăng số lượng nguồn phát sinh nước thải, bụi, khí thải làm phát sinh các thông số ô nhiễm vượt quy chuẩn kỹ thuật môi trường về chất thải; phát sinh thêm thông số ô nhiễm mới vượt quy chuẩn kỹ thuật môi trường về chất thải; tăng lưu lượng nước thải, bụi, khí thải làm gia tăng hàm lượng các thông số ô nhiễm vượt quy chuẩn kỹ thuật môi trường về chất thải; tăng mức độ ô nhiễm tiếng ồn, độ rung; thay đổi nguồn tiếp nhận nước thải và phương thức xả thải vào nguồn nước có yêu cầu bảo vệ nghiêm ngặt hơn gửi hồ sơ đề nghị cấp lại giấy phép môi trường trước khi thực hiện việc thay đổi và chỉ được triển khai thực hiện sau khi được cấp giấy phép môi trường.

Cơ quan cấp phép xem xét tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ theo quy định; trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, chưa hợp lệ thì thông báo để tổ chức, cá nhân hoàn thiện hồ sơ theo quy định.

- Cơ quan cấp phép thành lập hội đồng thẩm định, tổ thẩm định hoặc đoàn kiểm tra theo một trong các trường hợp sau: + Đối với dự án đầu tư, cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép môi trường thành lập tổ thẩm định, tổ thẩm định có trách nhiệm tổ chức khảo sát thực tế tại khu vực dự kiến triển khai dự án đầu tư; + Đối với cơ sở đang hoạt động, cơ quan cấp phép thành lập tổ kiểm tra và tổ chức kiểm tra thực tế. - Tổ thẩm định thẩm định hồ sơ, tổ kiểm tra nghiên cứu hồ sơ và khảo sát hoặc kiểm tra thực tế (nếu có) đối với dự án đầu tư, cơ sở. Trường hợp hồ sơ phải chỉnh sửa, bổ sung để bảo đảm đủ căn cứ cho việc cấp phép, cơ quan cấp phép có văn bản thông báo cho chủ dự án, cơ sở và nêu rõ các nội dung phải chỉnh sửa, bổ sung. Cơ quan cấp phép không yêu cầu chủ dự án, cơ sở thực hiện các công việc khác ngoài các nội dung trong văn bản thông báo yêu cầu chỉnh sửa, bổ sung hồ sơ này. - Căn cứ kết quả thẩm định của tổ thẩm định hoặc kết quả kiểm tra của tổ kiểm tra, cơ quan cấp phép xem xét, cấp lại giấy phép môi trường cho cơ sở trong trường hợp đủ điều kiện cấp lại giấy phép môi trường hoặc có văn bản thông báo trả hồ sơ cho chủ dự án, cơ sở và nêu rõ lý do trong trường hợp không đủ điều kiện cấp giấy phép môi trường.