Tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân cấp huyện thực hiện chức năng quản lý nhà nước về: Y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng; y dược cổ truyền; sức khỏe sinh sản; trang thiết bị y tế; dược; mỹ phẩm; an toàn thực phẩm; bảo hiểm y tế; dân số.
Trường hợp không tổ chức riêng Phòng Y tế thì chức năng tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân cấp huyện quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực y tế do Văn phòng Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân thực hiện.